新鮮香菇清洗需要去除泥沙和雜質，采用流動水沖洗、鹽水浸泡、淀粉吸附等方法可有效清潔。
1、流動水沖洗：
香菇表面褶皺易藏污納垢，直接沖洗難以徹底清潔。將香菇菌柄朝下置於流動清水下，用手指輕輕搓洗菌蓋褶皺，水流能帶走大部分附著物。註意避免長時間浸泡，防止吸水過多影響口感。沖洗後立即用廚房紙吸幹水分，或置於瀝水籃中自然晾幹。
2、鹽水浸泡：
淡鹽水能幫助分離雜質並殺菌。配制3%濃度的鹽水約1升水加30克鹽，將香菇浸泡5分鐘。鹽分滲透會使菌褶中的蟲卵或小蟲浮出，同時破壞部分表面細菌。浸泡後用清水漂洗兩遍，確保鹽分殘留不影響烹飪風味。此法特別適合用於涼拌或生食的香菇預處理。
3、淀粉吸附：
淀粉顆粒具有物理吸附特性。在盆中加入1升清水和2勺玉米淀粉，放入香菇輕輕攪動。淀粉水能粘附菌褶中的細微塵土，靜置3分鐘後雜質會沉淀到底部。撈出香菇時註意不要攪動盆底，重復操作一次效果更佳。這種方法對保留香菇完整形態最有利，適合需要保持外觀的菜品。
4、刀具處理：
菌柄底部常帶有木質化部分和栽培基質殘留。用陶瓷刀削去約3毫米的柄端，避免金屬刀引發氧化變色。對於較大朵的香菇，可將菌柄縱向切開檢查內部是否藏有泥土，必要時用軟毛刷輕刷內部。處理後的香菇應立即使用，防止切口處滋生細菌。
5、蒸汽清潔：
高溫蒸汽能深度清潔且不破壞營養。將香菇放入蒸籠屜，水沸後蒸1分鐘立即取出。蒸汽會使菌褶舒展，便於隱藏的雜質脫落，同時滅活表面微生物。蒸過的香菇更適合燉煮類料理，但涼拌使用時需註意調整調味料用量，避免水分過多稀釋味道。
清洗後的香菇建議當天食用，儲存時可墊吸濕紙放入保鮮盒冷藏。搭配富含維生素C的彩椒或綠葉菜烹飪，能促進香菇多糖的吸收。處理過程中保持操作臺面幹燥，避免交叉污染。體型較大的香菇可切十字花刀幫助入味，菌柄部分纖維較粗適合剁碎做餡料。運動後食用香菇燉雞有助於補充蛋白質和微量元素，但痛風患者需控制攝入量。