輸卵管囊腫切除後存在復發可能，但概率較低。輸卵管囊腫復發可能與手術方式、術後護理、基礎疾病等因素有關，建議術後定期復查並遵醫囑幹預。
輸卵管囊腫復發多與手術未徹底清除病灶相關。傳統開腹手術視野局限可能導致微小囊腫殘留，而腹腔鏡手術因操作精細可降低殘留風險。術後未規范抗炎治療可能誘發盆腔粘連或炎癥性囊腫再生。內分泌紊亂如多囊卵巢綜合征患者激素水平異常可能刺激輸卵管上皮再次增生。存在子宮內膜異位癥時，異位內膜隨月經周期脫落可能形成新的囊腫。
特殊情況下輸卵管囊腫復發風險增高。輸卵管本身結構異常或纖毛功能障礙患者，術後局部微環境未改善可能再次形成囊腫。免疫功能低下人群術後創面修復緩慢，可能繼發感染導致囊腫復發。有盆腔放射治療史者輸卵管組織修復能力受損，局部缺血缺氧可能誘發囊腫再生。遺傳性腫瘤綜合征如林奇綜合征患者需警惕輸卵管惡性病變復發。
術後應每3-6個月進行婦科超聲檢查，重點關註卵巢與輸卵管形態。出現下腹墜痛、異常陰道流血等癥狀需及時就診。保持會陰清潔避免逆行感染，經期禁止盆浴與性生活。控制血糖血壓等基礎疾病，肥胖患者建議減重改善代謝。術後半年內避免提重物或劇烈運動，可進行凱格爾運動增強盆底肌功能。飲食宜清淡少鹽，適當增加西藍花、胡蘿卜等抗氧化食物攝入。