核磁共振一般能檢查出大腦萎縮。核磁共振成像技術對腦組織結構的顯示具有高分辨率，能夠清晰識別腦實質體積縮小、腦溝增寬等萎縮特征，是診斷腦萎縮的重要影像學手段之一。
核磁共振通過多序列掃描可多角度評估腦萎縮程度。T1加權像能清晰顯示腦皮質變薄和腦室擴大，T2加權像有助於觀察白質疏松等伴隨改變，FLAIR序列對識別小血管病變相關的萎縮具有優勢。檢查無需註射對比劑即可完成基本評估，對阿爾茨海默病、帕金森病等神經退行性疾病引起的萎縮具有較高診斷價值。部分新型磁共振技術如彌散張量成像還能評估腦白質纖維束的微觀結構改變。
對於輕度腦萎縮或早期病變，核磁共振可能需結合臨床評估。年齡相關的生理性腦體積減少與病理性萎縮在影像上存在重疊區域，需結合認知功能量表等綜合判斷。某些代謝性疾病或中毒性腦病早期可能僅表現為局部細微改變，需經驗豐富的影像科醫師仔細讀片。對於疑似遺傳性共濟失調等特殊類型萎縮，可能需要增加磁共振波譜分析等補充序列。
建議存在記憶力減退、運動協調異常等癥狀者及時進行神經影像學檢查。檢查前需去除身上所有金屬物品，有心臟起搏器或幽閉恐懼癥者應提前告知醫生。確診腦萎縮後應定期復查監測進展，同時配合神經心理評估和針對性康復訓練。