感染尼帕病毒潛伏期通常無明顯癥狀，發病後癥狀按早期表現、進展期、終末期順序發展，主要有發熱頭痛、呼吸道癥狀、神經系統損害、意識障礙、昏迷抽搐。
1、發熱頭痛
尼帕病毒感染初期，患者常出現突發高熱，體溫迅速升高，伴有劇烈頭痛、肌肉酸痛和全身乏力。此階段癥狀類似流感，容易被忽視或誤診為普通感冒。部分患者還會感到咽喉疼痛和吞咽困難。針對此類早期表現，應及時隔離並就醫，醫生可能會根據病情使用對乙酰氨基酚片緩解發熱疼痛，或使用佈洛芬緩釋膠囊進行退熱處理，同時配合利巴韋林顆粒進行抗病毒輔助治療，但所有用藥必須嚴格遵醫囑執行。
2、呼吸道癥狀
隨著病情進展，病毒侵襲呼吸系統，患者會出現咳嗽、呼吸急促、呼吸困難等癥狀，嚴重者可發展為非典型肺炎。肺部聽診可聞及濕囉音，胸部影像學檢查顯示肺部浸潤影。此時患者氧合能力下降，需密切監測血氧飽和度。治療上除支持療法外，醫生可能會開具阿奇黴素分散片預防繼發細菌感染，使用氨溴索口服液幫助排痰，或在重癥情況下使用註射用甲潑尼龍琥珀酸鈉減輕肺部炎癥反應，具體方案需由專業醫師制定。
3、神經系統損害
尼帕病毒具有嗜神經性，病情進一步惡化會損傷中樞神經系統，導致腦炎或腦膜炎。患者表現為頸項強直、畏光、嘔吐以及精神狀態改變，如煩躁不安或反應遲鈍。這是疾病進入危重階段的標志。針對神經系統受損，臨床可能使用甘露醇註射液降低顱內壓，應用地西泮片控制躁動，同時聯合更昔洛韋膠囊進行針對性抗病毒幹預，旨在阻止病毒對神經細胞的進一步破壞，挽救患者生命。
4、意識障礙
在疾病嚴重階段，廣泛的腦實質受損會導致患者出現不同程度的意識障礙，從嗜睡、昏睡逐漸過渡到淺昏迷。患者對外界刺激反應減弱或消失，瞳孔可能出現異常變化，反射減弱。此時期病情極其兇險，死亡率高。醫療幹預重點在於維持生命體征，醫生可能會使用納洛酮註射液促醒，輔以胞磷膽堿鈉膠囊營養神經，並結合人血白蛋白註射液維持膠體滲透壓，防止腦水腫加重，所有措施均需在重癥監護室嚴密監控下進行。
5、昏迷抽搐
終末期患者常陷入深昏迷狀態，伴隨頻繁且難以控制的全身性強直陣攣性抽搐，呼吸節律紊亂甚至停止，最終因呼吸衰竭或多器官功能衰竭而死亡。此階段預後極差，幸存者往往遺留嚴重的神經系統後遺癥。對於抽搐發作，醫生緊急處理時可能會使用苯巴比妥鈉註射液止驚，配合丙戊酸鈉緩釋片維持抗癲癇效果，並使用咪達唑侖註射液進行鎮靜麻醉以保護腦功能，但這需要極高水平的醫療支持團隊共同協作完成。
尼帕病毒屬於高致病性病原體，目前尚無特效抗病毒藥物，預防關鍵在於避免接觸果蝠及其污染的食物，不飲用生椰棗汁，處理動物分泌物時做好防護。日常應保持良好的個人衛生習慣，勤洗手，室內定期通風消毒。一旦出現不明原因發熱伴呼吸道或神經系統癥狀，尤其是有流行病學接觸史者，須立即前往具備隔離條件的醫療機構就診，切勿自行服藥延誤病情，配合醫生進行隔離治療和對癥支持護理是改善預後的關鍵。